三船殉難事件は、第二次世界大戦終戦後の1945年（昭和20年）8月22日、北海道留萌沖の海上で樺太からの疎開者を主体とする日本の緊急疎開船3隻（小笠原丸、第二号新興丸、泰東丸）がソ連軍の潜水艦（L-12号･L-19号）からの攻撃を受け、小笠原丸と泰東丸が沈没して1,708名以上が犠牲となった事件を指す[1]。三船遭難事件とも呼ばれる。
樺太からの疎開
ソ連は8月8日深夜、対日宣戦布告し、満洲、朝鮮、南樺太に侵攻した。1945年（昭和20年）8月15日に、大日本帝国政府はポツダム宣言を受諾し、降伏文書への調印意思を連合国へ通達、翌日には各軍への停戦命令の布告および武装解除を進めさせた。これに対応し、イギリス軍やアメリカ軍は即座に戦闘行為を停止した。
ところが、北海道札幌の第5方面軍司令官の樋口季一郎中将は北海道へのソ連進駐とそれによる赤化を恐れ、北海道占領を阻む防波堤とすべく樺太の第88師団に当時日本領であった南樺太を死守するよう命じた。
また、南樺太西岸の北方の町である恵須取ではそれ以前の艦砲射撃に反撃がなかったため日本兵がいないものと判断したのか、ソ連軍兵士らが特段の攻撃姿勢もなく上陸してきた。日本軍守備隊はこれを攻撃し交戦状態に突入、この結果、ソ連軍は南樺太各地への空爆や上陸のための攻撃を開始し、南樺太では日本･ソ連両軍の交戦が続くこととなった。
大津敏男樺太庁長官は、ソ連軍の攻撃から避難させるため、長官命令で老人･児童及び女性を本土に送還するため、大泊港から宗谷丸、小笠原丸、第二号新興丸、泰東丸等の船に分乗させ本土に疎開させようとした。
最初の疎開船は13日夕に出港した宗谷丸で、警官や憲兵に案内され、いち早く乗ったのは樺太庁職員や警官家族、師団将校の妻らで、彼らは大量の荷物を抱え、なかには家財道具まで積込み（疎開者が持ち帰る荷物は、本来、一人一個、一家族三個、一個約八貫目までと定められていた。）、定員790人に対し、わずか680人余で出航したという。このことは後日判明し非難の声があがったが、樺太師団の鈴木参謀長は、彼ら官・軍関係者への疎開情報連絡のみが先にされたかのではないかという点には触れることなく、「これらの家族は一般住民に比べて係累や荷物が少なく、移動になれていて、手回しがよく指令を守ったため、第一陣に間に合った」と弁明している。
小笠原丸沈没
1945年（昭和20年）8月20日、疎開船の1隻である逓信省の海底ケーブル敷設船小笠原丸（1,456トン）が疎開者1,500名ほどを乗せて大泊から稚内に渡った。
海軍警備兵も乗組み、砲や機銃で武装されていたが、終戦とのことで覆いをかけていたという。南樺太では、第5方面軍の樺太死守命令により戦闘が続いていて、それは乗員・乗客らも知っていたはずで、それとやや矛盾する感じもするが、それまで日本海はむしろ米潜水艦が活動し、ソ連軍がよもやここまで来るとは思わなかったとする証言等もある。連合軍からの指示で、攻撃されないための一定の無線信号を出し、マストに航海灯を掲げていた。
一般の疎開者は稚内までと決めたため、日本に到着した事や機雷の危険がある事から下船するよう勧めがあったが、そのまま乗っていれば小樽まで行けるため、降りようとしない者も多く、約600名の乗客と約100名の船員・軍人を乗せて小樽に向った。稚内までの列車の本数は少なく、それを嫌ったともいわれる。その途中の8月22日午前4時20分頃、増毛沖の海上でソ連潜水艦L-12と思われる艦船の雷撃により撃沈された。
沈没の様子は留萌防空監視哨からも望遠鏡で目撃されたという。ソ連軍潜水艦は小笠原丸沈没後、浮上して、波間に漂う人々に機銃掃射を加えたともいう。
また、救命ボートで海岸に漂着した乗組員が漁民に救助を要請したが、油がないからとなかなか船を出してもらえず、乗組員が東京に頼んで後で油を融通してもらうからと頼んでようやく船を出してもらったという。一方で、後の事になるが、遺体収容のために自費で船の引揚作業やそれに協力する地元住民もいた。
のちに大相撲で横綱となった大鵬は、この小笠原丸に乗船していたが途中の稚内で下船し難を逃れている。
第二号新興丸大破
続いて午前5時13分頃、大泊からの疎開者約3,400名を乗せ小樽へ向っていた特設砲艦第二号新興丸（2,700トン）が留萌沖北西33キロの海上で、ソ連の潜水艦L-19からの魚雷を右舷船倉に受け縦約5m・横約10mの穴が開いた。
さらにこの直後に浮上した潜水艦により銃撃や砲撃を受けたため、これに応戦した。同艦は1941年（昭和16年）に海軍に徴用され特設砲艦として宗谷海峡付近で機雷敷設の任務に就いていた艦であるため、12センチ砲2門と25mm対空機銃の装備があった。
泰東丸沈没
船倉に大量の米を積んだものの、押し寄せる疎開者を陸軍将校が一人でも多く乗せたいと乗船させることを依頼した。船長は危険性が増すため当初は断っていたものの、輸送司令部の工兵らで甲板に便所を作るとまでいう軍からの依頼を断りきれなかった。疎開者を乗せた貨物船の泰東丸（877トン）が大泊を21日午後11時頃小樽へ向って出航。途中、先に遭難した船からの浮遊物や遺体を目撃、触雷したものと考えて警戒しながら進んでいた。22日午前9時52分、北海道留萌小平町沖西方25キロの海上において、浮上したソ連の潜水艦L-19の砲撃を受けた。
乗船していた兵の増田九州男は、魚雷攻撃をいきなり最初に受けたが外れたとするが、魚雷らしきものを見た者は他にいない。泰東丸も機銃等で武装し陸軍警備兵7人が乗り組んでいたが、砲撃を最初は停止合図と考え、同船はありあわせの布で白旗を掲げるも、潜水艦からの砲撃と機銃掃射が続いた。
泰東丸は砲撃に対して機銃で応戦したとも、応戦しようとせず疎開者から機銃があるのになぜ応戦しないのかとの声があがったとも、（警備兵の増田九州男の証言によれば）臨検と考えた船長による無抵抗の指示により咄嗟に機銃を外してしまっていたとも、証言は様々である。約20分後に機関部への命中弾により「泰東丸」は沈没した。
藤村建雄（新興丸攻撃艦は一隻との説をとる）は、このような砲撃中心の攻撃になったことについて、潜水艦L-19が第二号新興丸の攻撃を受けた際に、L-19乗組員に実は死者が出て残りの乗組員らが復讐心に駆られた可能性や、魚雷発射等の装置に損傷を受けていた可能性等があるのではないかとしている。乗員乗客約780名中667名が死亡した。たまたま通りかかった機雷敷設艇石埼と、さらに特設敷設艦高栄丸とその護衛艦二隻が遭難者の救助にあたった。
この事件の22日、宗谷海峡では、大阪商船の能登呂丸がソ連機の雷撃で沈没、鉄洋丸が潜水艦の雷撃を受け、北竜丸が既に撃沈されて漂流中だった第十一札幌丸の乗組員を救助し、網走沖では大東丸が撃沈されている。
戦後、当時のソ連海軍の記録から旧ソ連太平洋艦隊第一潜水艦艦隊所属のL-19とL-12の2隻の潜水艦が留萌沖付近の海上で作戦行動に就いていた事が判明した。
1992年（平成4年）、拓殖大学教授秦郁彦がソ連国防省戦史研究所を訪問、V・ジモーニン所長代理に当時のソ連海軍の動向につき調査を依頼、9月上旬に届いた回答で、ソ連太平洋艦隊の潜水艦による攻撃であったことが確認された。
北海道留萌市立図書館の所有する、1945年8月19日ソビエト海軍艦隊人民委員部発の「ソ連太平洋艦隊第一潜水艦隊司令官宛命令書」では「艦隊には次の任務が課せられる。8月24日未明、占領軍の留萌上陸予定」、「Ｌ級潜水艦を二隻派遣せよ」、「航行中の敵船舶はすべて撃滅する。」などと命じられている。
2007年（平成19年）、樺太の新聞『ソビエツキー・サハリン』の取材でサハリン州公文書館から公開された資料によると、ソ連は樺太に続き北海道北部を占領するため狙撃部隊2個師団による留萌への上陸作戦計画を立てていた。
8月18日にアメリカ大統領トルーマンはソ連の最高指導者スターリンに対して北海道占領を事実上拒絶する旨の書簡を送った。しかし、樺太ではソ連軍と第5方面軍の樋口季一郎中将から樺太死守を命じられた第88師団との間でいまだに戦闘が続いており、北海道北部の占領をなおも考えるスターリンは8月24日の留萌上陸作戦の開始を予定し、L-19等の潜水艦に日本船全てを撃沈するよう命じ、留萌沖を目指して19日ないし20日に出航させていた。
ようやく樺太での交戦継続を知った大本営参謀の朝枝繁春からの電報が8月21日札幌の第5方面軍にあり、ついに第5方面軍は完全降伏することとした。8月22日午前、樺太の第88師団とソ連軍との間で停戦交渉が午前10時半から行われ、午後0時10分に成立、樺太での戦闘も順次終了していった。
留萌上陸作戦の名分を失ったソ連は、当面の作戦目標を千島攻略に切り替え、22日午後にはスターリンはトルーマンに北海道占領計画の放棄を連絡、留萌周辺の潜水艦に、輸送船の攻撃禁止、ついで全船舶の攻撃禁止と、指示が相次いで出されていった。三つの船は、数時間の差で停戦とこれらの指示が間に合わず、撃沈されていったのである。
